Por um Decreto datado de 25 de novembro de 1949, o Exmo. Senhor Arcebispo Diocesano, Dom Joaquim Domingues de Oliveira, de saudosa-memória, criava o Arquivo Histórico Eclesiástico de Santa Catarina, o qual, conforme o referido Decreto, tinha como principais objetivos "reunir, catalogar e sistematizar os Documentos e objetos de real valor relativos principalmente à vida religiosa do Estado, os quais correm sérios riscos de se desviarem ou desaparecerem".

O referido Arquivo está a cargo da Mitra Metropolitana de Florianópolis, sendo de competência do Exmo. Senhor Arcebispo Metropolitano a delegação de poderes a pessoas de sua confiança para executarem os trabalhos necessários ao atendimento de seus objetivos.

Quando da data de criação a sede do Arquivo era à Rua Arcipreste Paiva s/n na Catedral Metropolitana. Mais tarde, por volta de 1966, foi transferido para a Avenida Rio Branco 154, e, finalmente, a partir de 1968 funciona nas dependências da Cúria Metropolitana, à Rua Esteves Júnior, 447.

Desde sua fundação até hoje o Arquivo conseguiu reunir e preservar inúmeros documentos de inestimável valor para a história.

Anteriormente à Proclamação da República dos Estados Unidos do Brasil, todos os registros de Nascimentos, Casamentos e Óbitos eram feitos pela Igreja. Assim é que somente em nosso Arquivo podem ser encontrados dados referentes a pessoas nascidas no atual território da Arquidiocese de Florianópolis no período compreendido entre 1751 e 1889.

De todos os livros que possuímos, o mais antigo é o de casamentos, da Paróquia Nossa Senhora do Desterro - Catedral Metropolitana - iniciada em 1714. Já o mais antigo livro de registro de Batismo desta mesma Paróquia inicia em 1751.

Além desses livros, nosso acervo é integrado por inúmeros e valiosos documentos que contam a história da Igreja em Santa Catarina, principalmente a partir da criação do Bispado de Florianópolis, que data de 1908.